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title: DockingCopilotSkill
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last_updated: 2026-08-20
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# DockingCopilotSkill

> DockingCopilotSkill - Drpeng 在 ModelScope 创建的在线 Demo。分子对接智能 Skill DockingCopilot Skill​AI for Biomedicine · Molecular Docking · Reproducible Scientific Skill从 SMILES 与蛋白受体出发，将分子 3D 构建、受体准备、参数校验、AutoDock Vina 对接、结果解释与多候选比较封装为一条可复现科研工作流。

Drpeng/DockingCopilotSkill 是 ModelScope 魔搭社区上的在线可交互 Demo（创空间），基于 static 6.17.3 构建，中文名为「分子对接智能 Skill」。

- **Repository**: Drpeng/DockingCopilotSkill
- **SDK**: static
- **SDK version**: 6.17.3
- **Downloads**: 0
- **Stars**: 1
- **Last updated**: 2026-08-20

Source: https://www.modelscope.cn/studios/Drpeng/DockingCopilotSkill

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# DockingCopilot · 可复现分子对接 Skill 展示页

面向 **AI for Biomedicine** 的分子对接 Copilot Skill 的网页展示与交互演示。

**在线体验**：本页面即为展示站。

## 展示内容

- **交互演示**：输入 SMILES，体验七阶段流水线与结构化输出——合法分子返回 affinity / poses / ligand efficiency / warnings；非法 SMILES、多片段（盐）、金属配合物分别返回 `INVALID_SMILES`、`MULTI_FRAGMENT_LIGAND`、`UNSUPPORTED_ELEMENT` 结构化错误（error_code / stage / recoverable / suggested_actions）。固定 seed 双跑结果一致，呼应工作流的可复现性设计。浏览器端为行为模拟，真实对接请克隆源仓库运行。
- **工作流**：十一级状态机 DAG（校验 → 配体准备 → 受体分析 → 校验盒 → Vina → 解析 → 描述符 → 解释 → 打包），任一阶段失败转入结构化错误。
- **参数指南**：配体准备 / 受体配置 / 四种对接盒模式 / Vina 参数，含硬约束（边长 10–30 Å、体积 ≤ 27000 ų、批量 ≤ 20 分子）。
- **失败案例**：13 个结构化错误全回归表（可搜索），每案例由测试真实运行断言。
- **科学边界**：affinity ≠ 实验结合自由能，不可换算 Kd/Ki/IC50；承诺记录每次运行的完整证据链（SHA256、版本快照、seed、manifest）。
- **快速开始**：最短验证路径（环境自检 / 真实示例 / 109 测试 / 可复现双跑）。

## 源仓库

<https://github.com/ibh4/docking-copilot-skill>

核心工具：RDKit · AutoDock Vina · Meeko · Biopython · FastAPI · React + 3Dmol.js

## 声明

本页为静态展示站，交互演示为浏览器端行为模拟，非真实对接结果。许可证与引用见源仓库 CITATION.cff / LICENSE。