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title: cycloaddition-3plus2-dataset
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chinese_name: "13偶极环加成计算数据集"
last_updated: 2026-06-09
license: "Apache License 2.0"
storage_size: "2.5 MB"
downloads: 2541
stars: 0
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# cycloaddition-3plus2-dataset

> cycloaddition-3plus2-dataset - Ephemeral6 在 ModelScope 开源的数据集。1,3-Dipolar Cycloaddition (3+2) Computational Reaction Dataset

Ephemeral6/cycloaddition-3plus2-dataset 是 ModelScope 魔搭社区上的数据集，存储大小 2.5 MB，采用 Apache License 2.0 许可。

- **Repository**: Ephemeral6/cycloaddition-3plus2-dataset
- **License**: Apache License 2.0
- **Storage size**: 2.5 MB
- **Downloads**: 2541
- **Stars**: 0
- **Last updated**: 2026-06-09

Source: https://www.modelscope.cn/datasets/Ephemeral6/cycloaddition-3plus2-dataset

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# 1,3-Dipolar Cycloaddition (3+2) Computational Reaction Dataset

一个**自行生成**的 1,3-偶极环加成（3+2 环加成）计算化学数据集：
从偶极体/亲偶极体 SMILES 出发，枚举反应、生成三维结构、并准备量化计算输入。
仓库同时包含生成这些数据的 Python 脚本，便于复现。

- **来源**：完全由作者的计算工作流自动生成（SMILES 枚举 → 三维结构生成 → Gaussian 输入），**无第三方受限数据**。
- **体量**：约 1,260 文件 / 2.7 MB；**818 个 `.xyz` 三维结构** + **423 个 `.gjf` Gaussian 输入** + 反应/产物 CSV + 生成脚本。
- **安全**：已逐文件核查（含 office 文档解包扫描），无密钥 / 内网 IP / 绝对路径 / 隐私信息。

## 目录结构
```
.
├── 00_inputs/                 # 反应物清单（SMILES）
│   ├── dipoles_3.csv              # 1,3-偶极体（含 label）
│   ├── dipolarophiles_2.csv      # 亲偶极体（烯 / Ene）
│   └── 15.py                      # 输入整理脚本
├── 01_reactions/              # 枚举出的反应与产物
│   ├── products*.csv             # Reaction_ID, Dipole/Alkene SMILES, Product_SMILES, Status...
│   └── 3plus2_final.py           # 反应枚举脚本
├── 03_structures_xyz/         # 三维结构与 Gaussian 输入（数据主体）
│   ├── *.py                      # SMILES→xyz、xyz→gjf 批处理脚本
│   ├── Di22.xlsx                 # 产物命名/索引表
│   └── xyz_out/                  # 818 个 .xyz 三维结构
│       └── gjf_ts/               # 423 个 .gjf（优化 / TS 两步）
└── 05_sp_highlevel/           # 高精度单点计算输入模板（test.inp）
```

## 字段说明（`01_reactions/products*.csv`）
`Reaction_ID, Dipole_ID, Dipole_SMILES, Alkene_ID, Alkene_SMILES, Product_Index, Product_SMILES, Product_SMILES_Kekule, Status, Error`

## 用途
反应可行性 / 区域选择性建模、3+2 环加成结构-活性研究、量化计算基准、几何 / 描述符特征提取的原料。

## 生成管线
SMILES 反应枚举 → 三维结构生成（含金属配位体系重试）→ 导出 `.xyz` → 生成 Gaussian `.gjf`（优化 / 两步 TS）→ 高精度单点。
（中间运行目录与日志已剔除；仅保留数据产物与生成脚本。）

## 许可
自产数据，采用 **CC-BY-4.0**：使用请署名。